Les secrets cachés du microbiote

Récemment, à Boston, une organisation à but non lucratif annonçait l’ouverture d’un centre dédié à la collecte de selles de personne en bonne santé. Pardon? Tout à fait, (vous avez bien lu), OpenBiome transforme, congèle, puis envoie ces excréments à des hôpitaux à travers le monde pour des transplantations fécales. Ces bactériothérapies visent à restaurer l’écologie microbienne du côlon d’un patient en y réintroduisant une flore bactérienne saine. A ce jour, plus de six mille échantillons ont déjà été envoyés obtenant un taux de guérison de 85% pour certaines maladies. Une façon de catalyser la recherche sur le microbiote humain…

Le microbiote? Reprenons tout d’abord la définition que nous offre Wikipedia:

Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes (bactéries, levures, champignons, protistes, virus) vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal ou végétal) ou une matière (d’origine animale ou végétale). Par exemple, le microbiote intestinal, couramment appelé «flore intestinale», est constitué de l’ensemble des micro-organismes vivant dans l’intestin, soit, chez l’Humain, environ 100 000 milliards. Chaque humain abrite 200 à 250 espèces.

Quand on pense que les microbes constituent entre 1 et 3% de notre poids total, il y a de quoi y porter plus d’attention. Nos parents sont à l’origine de la plupart des microbes que nous abritons, le reste provenant de l’environnement. En moyenne, notre microbiote est mature à l’âge de trois ans, et comme tout autre écosystèmes matures, celui de notre intestin tend à résister à toute invasion par des nouveaux arrivants.

Une certaine diversité est souvent favorisée car un écosystème diversifié permet généralement une plus grande résilience. Il s’avère que les civilisations occidentales ont appauvri celle de leur microbiote, par rapport à des sociétés moins industrialisées. Par quels biais? On peut notamment mentionner les antibiotiques, un régime de nourriture transformée, des toxines environnementales ainsi qu’une moindre pression microbienne dans la vie de tous les jours, ce qui pourrait expliquer une proportion plus importante de maladies chroniques comme les allergies, l’asthme, le diabète ou encore les complications cardiovasculaires.

Dans le podcast Signal, Dr. Martin Blaser, directeur du programme dédié au microbiote à l’Université de New York décrit l’humain de la façon suivante: «nous sommes une constellation de nos microbes […]; ils nous aident à la digestion, produisent des vitamines, entraînent notre système immunitaire.» En résumé, ils influencent notre organisme et notre santé au-delà de ce nous pouvons à l’heure expliquer.

L’intérêt des spécialistes est renouvelé depuis le succès de ce type de traitement chez des patients souffrant de problèmes internes suite à une surexposition aux antibiotiques, qui agissent comme un perturbateur de flore intestinal. Pour reprendre les termes du Professeur Lu du MIT, l’utilisation des antibiotiques «équivaut à un bombardement des bactéries qui vivent en nous». A titre d’exemple, une maladie de l’appareil digestif communément appelé C.diff. (Clostridium difficile), qui provoque la mort de 30 000 personnes chaque année aux Etats-Unis, survient souvent après une forte dose prolongée d’antibiotiques.

L’American Gut Project, qui vise à séquencer des communautés de dizaines de milliers d’Américains, représente l’effort le plus ambitieux jamais entrepris afin d’aider les chercheurs à dévoiler des corrélations entre les styles de vie des populations, leur régime, leur situation de santé ainsi que la composition microbienne de leur communauté. On citera également le Human Microbiome Project, qui s’efforce d’appliquer les dernière avancées technologiques afin d’analyser du matériel génétique pour identifier les organismes présents dans les tissus humains. Le défi est de taille: déterminer quels sont les organismes microscopiques vivant dans chaque organe et apprendre comment rééquilibrer leur population quand cette dernière est perturbée.

Quant aux recherches médicales, de récentes études ont démontré un rapport entre des bactéries intestinales et la sclérose en plaques (elle joueraient un rôle déterminant en détournant notre système immunitaires contre nos cellules nerveuses). D’autres publications ont également établi des corrélations entre la composition de notre flore intestinale et l’efficacité d’immunothérapies contre le cancer (les patients qui ont «mieux» répondu aux traitements avaient une plus grande diversité microbienne). Par ailleurs, l’Université du Texas a récemment publié une étude sur les effets bénéfiques de traitements très ciblés lors d’inflammation de la paroi intestinale: une alternative aux antibiotiques qui annihilent massivement toutes bactéries. Enfin, à quand une transplantation fécale comme certains l’ont tenté chez eux? Certaines entreprises se spécialisent déjà dans ce créneau grâce à des gellules (en lieu et place d’une transplantation par colonoscopie), alors que d’autres proposent des thérapies de restauration du microbiote ou encore la jeune pousse GNUbiotics qui s’inspire des bienfaits du lait maternel sur le développement de la flore intestinale des nouveaux nés.

On l’aura compris, notre corps fourmille d’organismes dont l’importance est peu à peu démontrée par une multitude d’études cliniques. Plusieurs géants ne s’y sont pas trompés, comme l’atteste le récent partenariat entre Entérome et Nestlé. Et pléthore d’entreprises proposent désormais des produits plus connus sous les noms de prébiotiques (nourriture à même d’encourager la croissance de «bonnes» bactéries déjà présentes) ou encore probiotiques (population de microbes bénéfiques au corps humain). Affaire à suivre!